A szakállas agámák nemének megkülönböztetése nem csak a névválasztás miatt fontos tényező. Ugyanis ha több agámát szeretnénk együtt tartani, akkor nem szerencsés két hímet beszereznünk, nőstényekkel viszont tarthatók együtt, illetve a „lánykák” hímek társasága nélkül sem kapnak össze.
A szakavatott szem számára már a harmadik-negyedik hónapban lehetséges az agáma nemének meghatározása.
(Bal oldali a hím jobb oldali a nőstény)
Ha tenyerünkbe vesszük az állatot úgy, hogy a feje az ujjaink irányában legyen, a farkát pedig felemeljük, könnyen ráláthatunk az agáma nemi szervére. Ha hímmel van dolgunk, akkor a kloáka fölött, a farok részen megfigyelhetünk két párhuzamos kitüremkedést, mely az állat hemipénisze. Nőstény egyed esetében értelemszerűen ilyen nincs.
A szaporodás a szakállas agámák esetében kevésbé zajlik erőszakosan, mint más hüllőknél. Egy egészséges nőstény esetében például elő sem fordulhat, hogy a hím akarata ellenére lerohanja. A párzás akkor jön létre, ha a hím agáma fejbólogatására a nőstény nem meneküléssel válaszol, hanem „integetéssel” jelzi felé a hajlandóságot. Ezt követően a párzás többször is megtörténik.
